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PubbliTesi - La Tesi
Optimization of Protocols for ChIP-seq and RNA-seq Data Analysis
Scheda Sintetica
Autore: Matteo Carrara
Relatore: Raffaele Calogero
Università: Università degli Studi di Torino
Facoltà: Facoltà di Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali
Corso: Laurea Magistrale in Biologia Cellulare e Molecolare
Data di Discussione: 17/10/2012
Voto: 110
Disciplina: Biologia Molecolare
Tipo di Tesi: Sperimentale
Lingua: Inglese
Grande Area: Area Scientifica
Dignità di Stampa: Si
Settori Interessati: Università, Ricerca, Industria
Descrizione:
In questa tesi proponiamo una completa pipeline di analisi primaria di dati di ChIP-seq con lo scopo di identificare geni bersaglio, correlarli con segnali di attivazione e inattivazione della trascrizione e calcolare la sequenza consensus, con un occhio di riguardo rispetto ai software esistenti e alle loro caratteristiche.
La pipeline è stata sfruttata con successo per l’identificazione dei geni bersaglio e del modello d’azione molecolare del fattore trascrizionale Prdm5, coinvolto nello sviluppo osseo dei mammiferi.
Riguardo al sequenziamento del trascrittoma, presentiamo i risultati di una ricerca di trascritti chimerici in tessuti normali sfruttando software di dominio pubblico. Particolare attenzione è stata prestata nel confronto dell’efficienza di sette software pubblicati.
Grado di Innovazione:
A mio parere l’innovatività della tesi risiede principalmente nella definizione di un metodo di filtraggio per i dati di sequenziamento basato sulle caratteristiche biologiche del sistema che permette di ridurre i falsi negativi dovuti ad eventi di scarsa intensità, pur mantenendo un notevole grado di arricchimento degli eventi connessi al processo biologico in esame.
In aggiunta, studi di efficienza riguardanti strumenti di analisi, come possono essere i tool per la ricerca di prodotti di fusi ...